El municipio que está situado en una zona estratégica de paso hacia el interior de la provincia de Castellón. Las tierras llanas más próximas a la rambla forman lo que se denomina Llano de Moró, situándose en él, el propio pueblo y los caseríos que lo conforman, Correntilla, Mas de Flors, Pla de Lluch, Mas d´Armeles, Mas del Pi, Masianos y Mas de Boeta.
Respecto al relieve, principal agente que define el paisaje, la zona norte del término municipal se caracteriza por un relieve de pequeñas lomas y valles con una red de barrancos encajada, la zona sur y este presenta las mayores elevaciones del término, con la Sierra de Portell y el Monte Mollet como elementos representativos. El centro y oeste del término se caracteriza por el relieve suave y ondulado sobre materiales más recientes, donde aparece el cauce de la Rambla de la Viuda y el embalse de María Cristina.
San Juan de Moró se caracteriza por poseer un clima típicamente mediterráneo, con veranos calurosos, cuyas temperaturas pueden llegar a más de 30°C e inviernos fríos pero suaves.
